本所檢驗作業流程簡述如下：
- 採檢後，檢體上正確標示採集日期、病患姓名、病歷號或床號，申請單則加註送檢單位或醫師姓名。
- 送檢前，應核對申請單內容，檢查檢體的種類和量是否足夠，以減少退件所造成的困擾。
- 客戶的常規檢查，由本所收檢人員按時並依如下規範收回檢驗；緊急檢體由客戶自行送驗。本所設有檢體簽收本以減少爭議。
- 檢體送檢時，檢體與檢驗申請單會維持同時送檢。
- 運送的檢體容器注意確實蓋緊並妥善放置，避免傾倒與外溢。
- 緊急檢驗之檢體用紅色筆特別標示，以便優先處理。
- 所有自其他單位運送至本實驗室的檢體，除了C.S.F、Blood culture及淋菌培養檢體以常溫運送以外，其它檢體應以放置有冰寶和溫度計的專用輸送袋運送，以保護檢體之品質；另檢查Ammonia之血液檢體，應置於冰塊中盡快送驗。
- 運送途中，收檢人應經常檢視輸送袋溫度，溫度以不超過18℃為原則。如溫度有上昇之虞，須就近購買冰塊添加，以維持檢體之穩定。
- 為防範運送過程任何可能之意外，輸送袋外表應標示本所名稱和緊急聯絡電話，以確保檢體能安全適時的送回實驗室。
- 檢體輸送袋送回後，醫檢師應檢視並登記溫度，以審查檢體運送條件是否符合規定。應特別注意須特殊保存條件之送檢項目，不符合規定者酌予退件。
- 送檢條件審查後，醫檢師應進行檢體與檢驗單內容之審查，審查內容包括檢驗單與檢體是否符合？檢體量種類是否恰當？檢體量是否足夠？符合者，予以簽收；不符合者，依檢體處理作業程序規範予以退件。